En la carpeta header.php y footer.php se utilizan la función wp_head(); y wp_footer(); respectivamente.
Estas 2 funciones sirven para mediante código, que viene desde el functions.php u otros Plugins, se pueda introducir código directamente en el theme de WordPress, sin ellas, plugins como contact form 7 no podrían funcionar correctamente, ya que, no tendrían forma de insertar el código CSS o JavaScript en la plantilla para su respectivo funcionamiento.